Untuk mencapai keberhasilan misi tersebut, LPM UNUGIRI mengembangkan struktur organisasi yang terdiri dari Rektor, ketua, kapus SPMI, kapus AMI, kapus SMPE dan staff LPM. Selain itu, LPM unugiri juga mewadahi kelompok auditor internal. Susunan organisasi LPM ini ditetapkan berdasarkan Peraturan Rektor UNUGIRI dan Tata Kerja Unsur yang Berada di Bawah Rektor.
